不動産を売ったときにかかる税金は？譲渡所得税と3,000万円特別控除の基本【南城市】

「家や土地を売ると、税金はどれくらいかかるの？」南城市で不動産の売却を考え始めた方から、こうしたご相談をいただくことがあります。

先にお伝えすると、不動産を売って利益（もうけ）が出たときには、その利益に対して「譲渡所得税」という税金がかかります。逆に、売っても利益が出ていない場合は、税金がかからないこともあります。

そして、マイホームを売った場合には「3,000万円の特別控除」という大きな制度があり、税金の負担が軽くなるケースが多くあります。

この記事では、不動産を売ったときの税金の仕組み、税額の計算方法、所有期間で変わる税率、マイホームの3,000万円特別控除と軽減税率、確定申告のタイミングまでを、初めての方にもわかるように整理します。ご自身のケースで何を確認すればよいかが見えてくるはずです。

不動産を売ると必ず税金がかかる？

まず押さえておきたいのは、税金がかかるのは「売った金額」そのものではなく、「売って出た利益」に対してだけという点です。

不動産を売ったときの利益のことを「譲渡所得」といいます。この譲渡所得がプラスになったときに、所得税・住民税（あわせて「譲渡所得税」と呼ばれることがあります）がかかります。

たとえば、買ったときより安く売れて利益が出ていない場合や、各種の控除を差し引いて利益が残らない場合は、税金がかからないこともあります。「売ったら必ず高額な税金がかかる」というわけではありません。

なお、不動産の譲渡所得は、給与や事業の所得とは分けて計算する「分離課税」という仕組みになっています（出典：国税庁「土地や建物を売ったとき」）。

譲渡所得税の計算方法

譲渡所得は、次の式で計算します。

譲渡所得 ＝ 売った金額（収入金額）－（取得費 ＋ 譲渡費用）－ 特別控除

売った金額から、「その不動産を手に入れるのにかかった費用（取得費）」と「売るためにかかった費用（譲渡費用）」を差し引き、さらに使える特別控除を引いた残りが、課税の対象になります。

取得費に含まれるもの／わからないときは「概算取得費」

取得費とは、その不動産を買ったときの購入代金や、購入手数料などです。建物については、使った年数に応じた「減価償却費」を差し引いて計算します（出典：国税庁「譲渡所得の計算のしかた（分離課税）」）。

問題になりやすいのが、「昔に買った」「相続で引き継いだ」などで、取得費がわからないケースです。

このような場合や、実際の取得費が売った金額の5％より少ない場合は、売った金額の5％を取得費とみなす「概算取得費」を使うことができます。

ただし、概算取得費を使うと取得費がとても小さくなり、その分、利益（譲渡所得）が大きく計算されて税金が増えることがあります。購入時の売買契約書などが残っていないか、まずは探してみることをおすすめします。

譲渡費用に含まれるもの

譲渡費用は、不動産を売るために直接かかった費用です。次のようなものが含まれます（出典：国税庁「譲渡所得の計算のしかた（分離課税）」）。

• 不動産会社に支払う仲介手数料
• 売買契約書に貼る印紙代
• 測量費
• 建物を取り壊して土地を売るときの取り壊し費用
• 借家人に支払った立退料

一方で、修繕費や固定資産税など、その不動産を維持・管理するためにかかった費用は、譲渡費用には含まれません。

なお、境界がはっきりしない土地では、売却にあたって測量が必要になることがあります。境界の考え方や進め方については、境界が分からない土地の売却の進め方もあわせてご覧ください。

税率は「所有期間」で変わる

譲渡所得にかかる税率は、その不動産をどれくらいの期間持っていたか（所有期間）によって大きく変わります。

区分の基準になるのは、「売った年の1月1日時点」での所有期間です。売った日ではない点に注意してください。

• 長期譲渡所得（所有期間が5年を超える）：所得税15％＋住民税5％＝合計20％
• 短期譲渡所得（所有期間が5年以下）：所得税30％＋住民税9％＝合計39％

（出典：国税庁「長期譲渡所得の税額の計算」／国税庁「短期譲渡所得の税額の計算」）

このほかに、所得税額に対する付加税が上乗せされます。2026年分までは、基準所得税額の2.1％の「復興特別所得税」です。2027年分以後は、防衛特別所得税1％と復興特別所得税1.1％が課され、合計は基準所得税額の2.1％になります（2026年8月19日時点で公表されている内容）。

短期と長期では税率が約2倍違います。所有期間の数え方は特に大切です。「売った年の1月1日で5年を超えているか」を、必ず確認しておきましょう。

マイホームを売ったときの3,000万円特別控除

自分が住んでいた家（マイホーム＝居住用財産）を売った場合には、譲渡所得から最大3,000万円を差し引ける特例があります。これが「3,000万円特別控除」です（出典：国税庁「マイホームを売ったときの特例」）。

この控除を使うと、利益が3,000万円までであれば、譲渡所得が実質ゼロになり、税金がかからないケースも多くあります。マイホーム売却でとても重要な制度です。

主な適用要件

3,000万円特別控除には、主に次のような要件があります（出典：国税庁「マイホームを売ったときの特例」）。

• 自分が住んでいる（または住んでいた）家であること
• 以前住んでいた家の場合は、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること
• 売った年の前年・前々年に、この特例（や一部の特例）を受けていないこと
• 親子や夫婦など、特別な関係がある人への売却でないこと

注意したいケース

一方で、次のような場合は、この特例が使えません。

• 特例を受けることだけを目的として入居した家
• 別荘など、趣味・娯楽・保養のために持っている家

10年を超えて所有していたなら「軽減税率」も

住んでいたマイホームを、売った年の1月1日時点で10年を超えて所有していた場合には、3,000万円特別控除を使ったうえで、さらに税率が低くなる「軽減税率の特例」を併用できます（出典：国税庁「マイホームを売ったときの軽減税率の特例」）。

3,000万円を差し引いた後の課税長期譲渡所得に対して、次の税率が適用されます。

• 6,000万円以下の部分：所得税10％＋住民税4％＝合計14％
• 6,000万円を超える部分：所得税15％＋住民税5％＝合計20％

（※別途、所得税額に対する付加税がかかります。2026年分までは復興特別所得税、2027年分以後は防衛特別所得税と復興特別所得税です）

つまり、10年を超えて所有したマイホームを売る場合は、3,000万円特別控除と軽減税率の両方が使える可能性があり、税負担がかなり軽くなることがあります。

申告と納税のタイミング（確定申告）

不動産を売って利益（譲渡所得）が出た場合や、3,000万円特別控除などの特例を使う場合は、確定申告が必要です。

確定申告は、原則として、売った年の翌年の2月16日から3月15日までに行います。

ここで大切なのは、特別控除を使えば税金が0円になる場合でも、確定申告をしなければ特例は適用されないという点です。「税金がかからないから申告も不要」と思い込んでしまうと、特例が受けられなくなることがあります。

利益が出た、または特例を使うという場合は、忘れずに申告の準備を進めましょう。

税金で損をしないために準備しておきたいこと

税金の負担は、事前の準備や情報の整理で変わることがあります。相談前に、次のような点を確認しておくとスムーズです。

• 購入したときの売買契約書・領収書（取得費の確認に必要です）
• いつからその不動産を所有しているかがわかる資料（登記事項証明書など）
• そこに住んでいた期間がわかるもの（マイホームの特例を使う場合）
• 相続で引き継いだ場合は、その関係がわかる資料

なお、税額の具体的な計算や、どの特例が使えるかの判断は、税理士や税務署が専門です。不動産会社は、売却全体の進め方や、必要な資料の整理、専門家への橋渡しをお手伝いします。「まず何から手をつければよいか」の段階から、お気軽にご相談ください。

まとめ｜まずは「利益が出るか」と「特例が使えるか」

不動産の売却でかかる税金は、「売った金額」ではなく「売って出た利益（譲渡所得）」にかかります。ポイントを整理します。

• 税金は利益（譲渡所得）に対してかかり、利益が出なければかからないこともある
• 税率は所有期間（売った年の1月1日で5年超か）で大きく変わる
• マイホームなら3,000万円特別控除、10年超所有ならさらに軽減税率が使える可能性がある
• 特例で税金が0円になる場合でも、確定申告は必要

次の一歩として、購入時の契約書を探し、所有期間と住んでいた期間を確認してみてください。そのうえで、税額の見通しや特例が使えるかどうかは、早めに税理士や税務署に相談すると安心です。

売却するかどうか迷っている段階でも、税金の見通しを含めて選択肢を整理することはできます。南城市および沖縄県南部の不動産について、状況の整理からお手伝いします。

よくある質問（FAQ）

不動産を売ったら、必ず税金がかかりますか。

必ずかかるとは限りません。税金は、売って出た利益（譲渡所得）に対してかかります。買ったときより安く売れて利益が出ていない場合や、3,000万円特別控除などで利益が残らない場合は、税金がかからないこともあります。ただし、特例を使うには確定申告が必要です。

購入したときの契約書が見つかりません。税金はどうなりますか。

「概算取得費」を使う方法があります。取得費がわからないときは、売った金額の5％を取得費とみなして計算できます（出典：国税庁「譲渡所得の計算のしかた（分離課税）」）。ただし、取得費が小さくなる分、利益が大きく計算されて税金が増えることがあります。まずは契約書や領収書が残っていないか、探してみることをおすすめします。

3,000万円特別控除を使えば、確定申告はしなくてよいですか。

確定申告は必要です。特別控除を使って税金が0円になる場合でも、確定申告をしなければ特例は適用されません（出典：国税庁「マイホームを売ったときの特例」）。忘れずに申告してください。

相続した空き家を売る場合も、3,000万円特別控除は使えますか。

通常の3,000万円特別控除とは別に、「空き家の特例」が設けられている場合があります。ただし、要件は通常のマイホームの特例とは異なり、耐震基準や譲渡の期限などの条件があります。使えるかどうかは個別の事情によって異なるため、税理士や税務署にご確認ください。

農地を売った場合の税金も同じですか。

譲渡所得の基本的な考え方は共通ですが、農地には別の特例が設けられている場合があります。また、農地は売却の前に農地法の許可などの手続きが必要です。詳しくは南城市で農地を売るときの進め方をご覧ください。

参考資料（一次情報）

• 国税庁「土地や建物を売ったとき」（コード3105）（確認日：2026-07-21）／譲渡所得と分離課税
• 国税庁「譲渡所得の計算のしかた（分離課税）」（コード3202）（確認日：2026-07-21）／計算式、取得費・譲渡費用、概算取得費、所有期間の区分
• 国税庁「長期譲渡所得の税額の計算」（コード3208）（確認日：2026-07-21）／長期の税率
• 国税庁「短期譲渡所得の税額の計算」（コード3211）（確認日：2026-07-21）／短期の税率
• 国税庁「マイホームを売ったときの特例」（コード3302）（確認日：2026-07-21）／3,000万円特別控除の要件
• 国税庁「マイホームを売ったときの軽減税率の特例」（コード3305）（確認日：2026-07-21）／10年超所有の軽減税率、控除との併用
• 財務省「令和8年度税制改正の大綱」（確認日：2026-08-19）／2027年分以後の防衛特別所得税・復興特別所得税の税率

ご利用にあたって

本記事は、一般的な情報提供を目的としています。個別のケースによって、税額や使える特例、必要な手続きは異なります。

• 税額の計算や、どの特例が使えるかの判断・申告は、税理士または税務署にご確認ください。
• 登記については司法書士にご相談ください。
• 制度や税率は変更されることがあります。ご確認の際は、最新の情報をお確かめください。

著者・情報基準

• 執筆者：株式会社イエリテ
• 執筆日：2026-07-21
• 最終更新日：2026-08-19
• 情報基準日：2026-08-19

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