不動産を売って損が出たら税金はどうなる？南城市で確認する譲渡損失の扱いと確定申告

執筆・発行：株式会社イエリテ
公開日：2026年8月19日
情報確認日：2026年8月19日

買ったときより安い金額でしか売れなかった。住宅ローンの残りを完済したら手元に何も残らなかった。不動産を売った後にこうした結果になったとき、税金の扱いがどうなるのかは分かりにくいところです。

売って利益が出たときの税金については情報が多い一方、損が出たときの説明は少なく、「損をしたのだから申告はいらない」と考えたまま期限を過ぎてしまうことがあります。実際には、税金がかからないことと、申告する意味がないことは別です。南城市や沖縄県南部で不動産を売却した方に向けて、損が出た場合の税金の考え方と、確定申告で何ができるのかを、国税庁の資料と条文で確認しながら整理します。

なお、この記事で扱うのは、不動産の譲渡損益に関係する所得税と住民税です。売買契約書に貼る印紙税など、売却に伴う他の税は、損益にかかわらず必要になる場合があります。

損が出た場合、その売却に対する所得税はかかりません

不動産を売ったときの税金は、売却代金そのものにかかるのではなく、譲渡所得（もうけ）に対してかかります。もうけが出ていなければ、その売却について課税される所得はありません。

つまり、譲渡損失（売却によって生じた損失）が出た場合、その売却を理由に所得税・住民税を納めることにはなりません。ここまでは、多くの方が想像するとおりです。

判断が分かれるのはこの先です。

• 出た損失を、給与や事業の所得から差し引けるのか。
• そもそも損が出たと言えるのか（計算の中身）。
• 申告しなくてよいのか。

この3つを順に確認していきます。

譲渡損失かどうかは、売買代金の差額では決まりません

譲渡損失が生じているかどうかは、次の計算の結果がマイナスになるかどうかで決まります（出典：国税庁「No.3202 譲渡所得の計算のしかた（分離課税）」）。

譲渡価額 −（取得費 ＋ 譲渡費用）＝ 譲渡所得（譲渡損益）

• 譲渡価額：売却代金。
• 取得費：買ったときの代金（建物は減価償却相当額を差し引いた後の金額）、購入時の仲介手数料・登記費用など。
• 譲渡費用：売却時の仲介手数料、印紙税、建物の取壊し費用など。

この結果がマイナスになったものが、この記事で扱う譲渡損失です。

ここで見落とされやすいのが、建物の取得費です。建物は使用や時間の経過によって価値が減っていくものとして扱われ、買ったときの価格がそのまま取得費になるわけではありません。そのため、「買値より安く売った＝損が出た」と感じていても、計算すると譲渡所得が生じている場合があります。反対のケースも起こり得ます。

取得費が分からない場合には、譲渡価額の5%を取得費とみなす方法（概算取得費）があります。ただしこの方法を使うと取得費が小さくなり、実際には損をしていても税金の計算上は利益が出る形になりかねません。

3,000万円特別控除などは、この計算の次の段階です

居住用財産の3,000万円特別控除などの特別控除は、上の計算でプラスになった譲渡所得から、課税される譲渡所得を計算するときに差し引くものです。国税庁も「それぞれの特別控除額は、特例ごとの譲渡益が限度となります」と説明しています（出典：国税庁「No.3223 譲渡所得の特別控除の種類」）。

特別控除を使ったことで譲渡損失が新たに生じることはありません。特別控除は、利益が出たときに税額を抑えるための制度で、損失をつくる制度ではないということです。

譲渡所得の計算の全体像は不動産を売ったときにかかる税金と3,000万円特別控除の基本で説明しています。売却にかかった費用の範囲は不動産売却にかかる費用の内訳と手取りの考え方をご覧ください。

土地・建物の売却損は、原則として給与や事業の所得から引けません

ここが、損が出たときに最も誤解されやすい点です。

土地・建物の譲渡所得は、給与所得や事業所得とは別に税額を計算する「分離課税」の対象です。そして租税特別措置法は、長期譲渡所得の計算上生じた損失について「当該損失の金額は生じなかつたものとみなす」と定めています（租税特別措置法第31条第1項後段。所有期間5年以下の短期譲渡所得についても同法第32条第1項後段に同じ定めがあります）。

土地・建物を売って損が出ても、その損失を給与所得や事業所得と相殺して税金を減らすことは、原則としてできません。

ただし、まったく使い道がないわけではありません。同じ年に複数の不動産を売っている場合、一方の損失を、もう一方の土地・建物の譲渡所得から差し引くことはできます。国税庁も「その損失の金額を他の土地や建物の譲渡所得の金額から控除できますが、その控除をしてもなお控除しきれない損失の金額は、事業所得や給与所得など他の所得と損益通算することはできません」と説明しています（出典：国税庁「No.3203 不動産を譲渡して譲渡損失が生じた場合」）。

「原則として」と書いているのは、この後で説明する例外の制度があるためです。

例外は、マイホームを売って損が出た場合の2つの特例です

租税特別措置法には、居住用財産（マイホーム）を売って損が出た場合に限り、他の所得との損益通算と、翌年以後3年内の繰越控除を認める特例が2つあります。どちらも個人の所得税・住民税の制度です。

1. 買い換える場合（措置法第41条の5）

新しいマイホームを取得することが前提の特例です。主な要件は次のとおりです（出典：国税庁「No.3370 マイホームを買い換えた場合に譲渡損失が生じたとき」）。

• 売った年の1月1日時点で、そのマイホームの所有期間が5年を超えていること。
• 売った年の前年1月1日から翌年12月31日までの間に、日本国内で新しいマイホームを取得すること。
• 新しいマイホームの床面積が50平方メートル以上であること。
• 取得した年の翌年12月31日までに居住すること、または居住する見込みであること。
• 取得した年の12月31日時点で、償還期間10年以上の住宅ローンがあること。

なお、2026年（令和8年）の税制改正により、買換資産についての見直しが行われました。建築後使用されたことのない家屋を令和10年1月1日以後に居住用とする場合には、一定の災害危険区域等内に建築された住宅が買換資産の対象から除外される場合があります（租税特別措置法施行令第26条の7）。区域や建築時期などによって判定が分かれますので、該当する可能性がある場合は、税務署・税理士と最新の国税庁資料でご確認ください。

2. 住宅ローンが残ったまま売る場合（措置法第41条の5の2）

買い換えをしない場合の特例です。売却代金では住宅ローンを返しきれないときが対象になります。主な要件は次のとおりです（出典：国税庁「No.3390 住宅ローンが残っているマイホームを売却して譲渡損失が生じたとき」）。

• 売った年の1月1日時点で、そのマイホームの所有期間が5年を超えていること。
• 売買契約日の前日に、そのマイホームについて償還期間10年以上の住宅ローンの残高があること。
• 売却価額が、その住宅ローン残高を下回っていること。

この特例で対象になる損失は全額ではなく、売買契約日の前日の住宅ローン残高から売却価額を差し引いた金額が限度です。譲渡損失の全額を引けるとは限らない点にご注意ください。

住宅ローンが残っている家の売却手続きそのものについては、住宅ローンが残っている家の売却の進め方をご覧ください。

期限と、主な適用除外

どちらの特例も、令和9年（2027年）12月31日までに売却したものが対象です。令和8年度税制改正（令和8年法律第12号）により、適用期限が2年延長されました（出典：国税庁「個人の方が株式等や土地・建物等を譲渡した場合の令和8年度 税制改正のあらまし」（令和8年5月））。

なお、国税庁のタックスアンサーNo.3370・No.3390は令和7年4月1日現在の法令等にもとづく内容で、本文の期限が令和7年12月31日と表示されています（2026年8月19日確認）。期限は改正のたびに変わりますので、売却時期が近い方は最新の資料でご確認ください。

また、要件を満たしていても適用できない場合があります。次は主なもので、これがすべてではありません。

一度も住んでいない不動産や土地だけの売却は、対象にならない場合があります

2つの特例は、いずれも自分が住んでいた家屋とその敷地を売った場合の制度です。国税庁は対象となる譲渡資産を、次のものとしています。現に自分が住んでいる家屋、以前に住んでいた家屋、これらの家屋とともに売る敷地、これらの家屋を取り壊した場合の敷地（一定の要件があります）、災害により滅失した家屋の敷地です。以前に住んでいた家屋については、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売る場合に限られます。

そのため、次のような売却は、特例の対象から外れることがあります。

• 相続で取得したものの、自分は一度も住んでいない実家。
• 一度も自分が住んだことのない賃貸用住宅や投資用アパート。
• もともと住宅が建っていない土地だけの売却。
• 別荘など、生活の拠点ではない建物。

一方で、以前は自分が住んでいた家を、退去後に人へ貸していた場合は、対象から外れるとは限りません。住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売るなど、期間や所有期間の要件を満たせば対象になり得ます。

家屋を取り壊した後の敷地を売る場合や、住まなくなってから年数が経っている場合は、要件の判定が細かく分かれます。ご自身のケースが該当するかどうかは、売買契約を結ぶ前に税務署または税理士へ確認しておくと、後から選択肢が狭まることを避けられます。

なお、相続した空き家については、譲渡益が出た場合に使える別の特例（相続空き家の3,000万円特別控除）があります。詳しくは相続した空き家の売却・活用と3,000万円特別控除をご覧ください。

特例を使うには確定申告が必要。繰越控除は期限内申告と連続申告が要件です

損失だけで所得が生じていない場合、所得税の確定申告そのものが義務になるとは限りません。しかし、上記の特例を使うには確定申告が必要です。求められる申告の内容は、損失が出た年と、翌年以後とで分かれます。

損失が出た年の損益通算

その年の他の所得と損益通算を受けるには、特例の適用を受けようとする旨を記載し、必要な書類を添付した確定申告書を提出する必要があります（出典：国税庁「No.3379」、国税庁「No.3393」）。

翌年以後の繰越控除

控除しきれなかった損失を翌年以後3年内へ繰り越すには、次の2つが要件です。

• 損失が生じた年分について、必要な書類を添付した確定申告書を提出期限までに提出していること。
• その翌年から繰越控除を受ける年まで、連続して確定申告書を提出していること（各年の添付書類も必要です）。

繰越控除を使う場合は、翌年以降に控除しきる所得がない年でも、申告を続ける必要があるということです。

所得税の確定申告の期間は、原則として翌年2月16日から3月15日まで（土日祝日にあたる場合は翌開庁日）です。

住民税（市民税・県民税）の扱い

住民税は所得税とは別の税ですが、南城市は「所得税の確定申告書を提出する方は、市・県民税申告書の提出は必要ありません」と案内しています。所得税の確定申告をしていれば、住民税の申告を別に行う必要はありません。

参考までに、南城市の令和8年度の市民税・県民税の申告受付は、令和8年2月16日から3月16日まで、南城市役所1階大会議室で行われました（出典：南城市「令和8年度 市民税・県民税（兼）国民健康保険税の申告について」）。年度ごとの日程は市が公表しますので、申告時期には最新の案内をご確認ください。

法人が所有する不動産は、扱いが異なります

ここまで説明した譲渡損失の特例は、いずれも個人の所得税に関する制度です（租税特別措置法第41条の5、第41条の5の2）。会社などの法人が所有する不動産を売却した場合は、法人税の計算方法によることになり、個人向けの説明をそのまま当てはめることはできません。

不動産を法人名義で所有している場合や、個人と法人の両方で不動産をお持ちの場合は、顧問税理士へご確認ください。

誰に何を聞けばよいか

不動産会社は、税額の計算や特例の適用可否を判断する立場にはありません。役割を分けて考えると、相談先が整理しやすくなります。

• 税務署・税理士：譲渡所得の計算、特例が使えるかどうかの判断、申告書の作成。
• 市区町村（南城市の場合は税務課・国保年金課）：市民税・県民税や国民健康保険税に関する窓口。
• 不動産会社：売却の進め方、売り出し条件、購入時の資料の探し方、売却時期の相談。
• 司法書士：所有権移転登記、相続登記。

よくある質問

損が出たので、確定申告をしなくても問題ありませんか。

特例を使わないのであれば、その売却を理由とした申告義務が生じるとは限りません。損益通算を受ける場合は、適用を受ける旨を記載し、必要な書類を添付した確定申告書の提出が必要です。翌年以後へ繰り越す場合は、損失が生じた年分を提出期限までに申告し、その後も連続して申告することが要件になります。給与所得者でも他の理由で申告が必要な場合がありますので、判断に迷う場合は税務署へご確認ください。

売却代金が住宅ローンの残高を下回りましたが、特例の対象になりますか。

所有期間などの要件を満たすかどうかで変わります。売った年の1月1日時点で所有期間が5年を超えていること、売買契約日の前日に償還期間10年以上の住宅ローン残高があることなどが要件です（出典：国税庁「No.3390」）。契約前に確認しておくことをお勧めします。なお、税務上の特例が使えるかどうかとは別に、決済のときにローンの完済へ足りない分をどう用意するかという問題が残ります。その進め方は「オーバーローンの家は売れる？残債に届かないときの不足分の埋め方」で整理しています。

相続した土地を売って損が出ました。給与所得から引けますか。

土地の売却損は、原則として給与所得とは相殺できません。居住用財産の特例は、自分が住んでいた家屋とその敷地が対象です。相続した土地だけの売却は、原則としてこれらの特例の対象になりません。

損失を繰り越している間に住宅ローンを完済しました。繰越控除は続けられますか。

特例の種類によって扱いが分かれます。買い換えの特例では、繰越控除を受ける年の12月31日に新しいマイホームの住宅ローンがない年は、その年の繰越控除を受けられません（出典：国税庁「No.3370」）。個別の判定は税務署または税理士へご確認ください。

譲渡損失が出ると、翌年の住民税や国民健康保険税は下がりますか。

下がるとは限りません。南城市の国民健康保険税は、医療分・後期高齢者支援金分・介護納付金分・子ども・子育て支援納付金分から成り、それぞれが所得割・均等割・平等割などで計算されます。所得割は前年の所得をもとに算定されます。均等割・平等割は加入人数や世帯をもとに算定されますが、所得が一定以下の世帯には軽減措置もあります（出典：南城市「国民健康保険税について」、南城市「国保税の軽減措置について」）。譲渡損失の特例が所得割等の算定へどう反映されるかを含め、具体的な金額は南城市国保年金課（098-917-5327）へご確認ください。なお、反対に譲渡益が出た場合に翌年度の保険料や医療費の窓口負担がどう変わるかは、不動産を売ると国民健康保険料は上がる？翌年に変わる保険料と医療費の負担で説明しています。

まとめ

不動産を売って損が出た場合、その売却について所得税がかかることはありません。一方で、その損失を給与や事業の所得から差し引けるかというと、土地・建物の譲渡損失は原則として他の所得と相殺できず、翌年以降へも繰り越せません。

例外は、マイホームを売って損が出た場合の2つの特例です。所有期間5年超などの要件を満たし、令和9年12月31日までに売却したものが対象になります。損益通算を受けるには適用を受ける旨を記載した確定申告書の提出が必要で、翌年以後へ繰り越す場合は、損失が生じた年分の期限内申告と、その後の連続した申告が要件です。相続で取得し、自分が一度も住んでいない家、一度も住んでいない賃貸用物件、土地だけの売却は、対象から外れることがあります。

売却の条件を決めてしまってから確認すると、選べたはずの方法が使えなくなることがあります。売却を検討し始めた段階で購入時の資料を探しておくこと、そして税務の扱いを税務署か税理士へ確認しておくことが、結果的に手元に残る金額を左右します。

参考資料（法令・公的資料）

• 国税庁「個人の方が株式等や土地・建物等を譲渡した場合の令和8年度 税制改正のあらまし」（令和8年5月）（2026年8月19日確認）
• 国税庁「No.3202 譲渡所得の計算のしかた（分離課税）」（2026年8月19日確認）
• 国税庁「No.3203 不動産を譲渡して譲渡損失が生じた場合」（2026年8月19日確認）
• 国税庁「No.3223 譲渡所得の特別控除の種類」（2026年8月19日確認）
• 国税庁「No.3370 マイホームを買い換えた場合に譲渡損失が生じたとき」（2026年8月19日確認）
• 国税庁「No.3379 マイホームを買い換えた場合の譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例を受けるための申告手続と添付書類等」（2026年8月19日確認）
• 国税庁「No.3390 住宅ローンが残っているマイホームを売却して譲渡損失が生じたとき」（2026年8月19日確認）
• 国税庁「No.3393 特定のマイホームの譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例を受けるための申告手続と添付書類」（2026年8月19日確認）
• e-Gov法令検索「租税特別措置法」（第31条・第32条・第41条の5・第41条の5の2）（2026年8月19日確認）
• e-Gov法令検索「租税特別措置法施行令」（第26条の7）（2026年8月19日確認）
• 南城市「令和8年度 市民税・県民税（兼）国民健康保険税の申告について」（2026年8月19日確認）
• 南城市「国民健康保険税（医療分・後期高齢者支援金分・介護納付金分・子ども・子育て支援納付金分）について」（2026年8月19日確認）
• 南城市「国保税の軽減措置について」（2026年8月19日確認）

本記事の内容は一般的な情報提供を目的としており、2026年8月19日時点の法令・制度にもとづいています。税額の計算や特例の適用可否は個々の事情によって異なりますので、具体的な判断については税務署または税理士へご確認ください。

この記事を書いた人

仲村 貢

株式会社イエリテ 代表

沖縄県南城市出身。住宅建築設計や不動産実務の経験を活かし、土地・戸建て・空き家・相続不動産などの売却や活用をサポートしています。お客様一人ひとりの事情に寄り添い、売る・残す・活用するといった選択肢を分かりやすく整理してご提案します。

査定だけのご相談でも構いません。現在の状況やご希望を丁寧にお伺いします。